時間:2021-03-16作者:
新藥研發是制藥行業最為復雜和最富挑戰性的一個環節,一個藥物的成敗是其活性,生物可利用度和毒性等等諸多因素綜合作用的結果。計算機輔助藥物設計(Computer Aided Drug Design,CADD)是依據結構生物學、生物化學、酶學、分子生物學以及遺傳學等生命科學的研究成果,針對這些基礎研究中所揭示的包括酶、受體、離子通道及核酸等潛在的藥物設計靶點,并參考其它類源性配體或天然產物的化學結構特征,以計算機化學為基礎,通過計算機的模擬、計算和預算藥物與受體生物大分子之間的相互作用,考察藥物與靶點的結構互補、性質互補等,設計出合理的藥物分子。
對于一個藥物學家來說,最賞心悅目的畫面莫過于蛋白的三維結構和小分子的復合晶體結構。基于結構的藥物發現最具邏輯性,也最有成就感。晶體生物基于自身的計算機虛擬篩選和分子對接平臺(如下圖),已經成功解析了數百種藥物靶點結構,其中包括數十個離子通道蛋白、GPCR和PARPs家族的結構解析。公司成立至今已經解析儲備了超過20個靶點結構。
分子對接成功案例
我們基于自己的化合物數據庫和商業化的ChemDiv, TargetMol, Enamine, ChemBridge等化合物數據庫中共200多萬小分子,其中大部分都是可以購買到的實體化合物。采用Dock, Discovery Studio, Schrodinger等軟件進行蛋白結構模建、分子動力學模擬、 量子化學計算等分子模擬計算。選取得分高的100個左右化合物,在體外進行分子和細胞水平的測試,最終得到了10個親和力在μM級別的化合物。通過針對Parps的虛擬篩選,我們從百萬級別的化合物中,迅速篩選到了μM級別的化合物,提高了新藥研發的速度,縮短了藥物研發的周期,節省人力成本和時間成本。
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